पुरुषों के अंडकोष अनेक प्रकार की बीमारियों का शिकार हो सकते हैं। अंडकोष से सम्बंधित बीमारियाँ या तो जन्म के दौरान या अन्य स्थितियों के परिणामस्वरूप उत्पन्न हो सकती हैं। अंडकोष से सम्बंधित बीमारियाँ निम्न है, जैसे:

हाइड्रोसील (Hydrocele) – पुरुषों में अक्सर अंडकोष के बढ़ने की समस्या होती है जिसे आमतौर पर हाइड्रोसील की समस्या भी कहा जाता है। हाइड्रोसील तब होता है जब एक अंडकोष के आसपास गुहाओं में अतिरिक्त तरल पदार्थ जमा हो जाता है। यह समस्या चोट या सूजन के कारण उत्पन्न हो सकती है। हाइड्रोसील (Hydrocele) की स्थिति में अंडकोश में भारीपन, सूजन, दर्द आदि लक्षणों का अनुभव किया जा सकता है।
रीट्रेकटाइल टेस्टिकल (Retractile Testicle) – रीट्रेक्टाइल टेस्टिकल (Retractile Testicle) तब होता है, जब एक अंडकोष (टेस्टिकल) ग्रोइन एरिया (Groin Area) और अंडकोष की थैली के बीच चला जाता है। आमतौर पर, इस स्थिति में एक डॉक्टर अंडकोष को वापस अपनी उचित स्थिति में ला सकता है, लेकिन अगर यह अंडकोष एक ही स्थिति में अटक (Stuck) जाता है, तो इस समस्या को असेंडिंग अंडकोष (Ascending Testicle) या अनडिसेंडेड वृषण (Undescended Testicle) कहा जाता है। इस समस्या के इलाज के लिए सर्जरी की आवश्यकता होती है।
अनडिसेंडेड वृषण या गुप्तवृषणता (Undescended Testicle (Cryptorchidism)) – यह जन्म से पहले एक या दोनों अंडकोष का स्क्रोटम (Scrotum) में न गिराने की स्थिति के कारण उत्पन्न होने वाली एक समस्या है। आमतौर पर, प्रत्येक पुरुष दो अंडकोष के साथ पैदा होता है। भूर्ण निर्माण के समय यह अंडकोष, पेट में पाए जाते हैं, और सातवें महीने के दौरान यह अंडकोष की थैली (Scrotum) में गिर जाते हैं। कभी-कभी, अंडकोष, स्क्रोटम में नहीं गिरते हैं, जिसके कारण पैदा होने वाला बच्चा अनडिसेंडेड वृषण (Undescended Testicle) की समस्या के साथ पैदा होता है।
वृषण मरोड़ (Testicular Torsion Or Twisted Testicle) – यह अंडकोष में लगने वाली चोट के कारण उत्पन्न होने वाली एक दुर्लभ समस्या है। वृषण मरोड़ (Testicular Torsion) तब होता है, जब वृषण की चोट या ज़ोरदार गतिविधि के कारण स्पर्मेटिक कोर्ड (Spermatic Cord) मुड़ जाती है। यह स्थिति किशोर लड़कों को अधिक प्रभावित करती है। यह मरोड़ अंडकोष को रक्त की आपूर्ति, तंत्रिका कार्य और शुक्राणु परिवहन आदि गतिविधिओं में रूकावट उत्पन्न करती है। यह स्थिति अंडकोश में दर्द, सूजन, अधिक पेशाब जाना, जी मिचलाना आदि लक्षण प्रगट करती है।
अण्डकोष में सूजन (Orchitis) – ऑर्काइटिस (Orchitis), अंडकोष की सूजन को प्रगट करने वाली स्थिति है। एपिडीडिमाइटिस (Epididymitis) की तरह ही अंडकोष की सूजन (Orchitis) अक्सर एक यौन संचारित रोग के परिणामस्वरूप उत्पन्न होती है। वृषण में दर्द और संवेदनशीलता, बुखार, जी मिचलाना और उल्टी आदि इसके प्रमुख लक्षण हैं। बैक्टीरियल और वायरल दोनों प्रकार के संक्रमणों से ऑर्काइटिस (Orchitis) की स्थिति उत्पन्न हो सकती है। अंडकोष की सूजन आमतौर पर 7 से 10 दिनों में गायब हो जाती है।
अंडकोष में कैंसर (Testicular Cancer) – अंडकोष की सभी समस्याओं में सबसे अधिक गंभीर स्थिति वृषण कैंसर (Testes Cancer) है। यह समस्या आमतौर पर 15 और 34 साल के पुरुषों को अधिक प्रभावित करती है। अंडकोष में एक कैंसरग्रस्त ट्यूमर पास वाले ऊतकों में विकसित होकर शरीर के अन्य भागों को भी प्रभावित कर सकता है। यह कैंसर आमतौर पर शुक्राणु पैदा करने में मदद करने वाली ट्यूबलर टेस्टिकल (Tubular Testicle) संरचनाओं से शुरू होता है।
हाइपोगोनैडिज्म (Hypogonadism) – हाइपोगोनाडिज्म (Hypogonadism) यह एक वृषण सम्बंधित समस्या है जो शरीर में पर्याप्त टेस्टोस्टेरोन के उत्पादन में कमी का कारण बनती है। इस स्थिति से सम्बंधित व्यक्ति का मस्तिष्क, हार्मोन उत्पादन को ठीक तरह से उत्तेजित नहीं कर पाता है। यह स्थिति जन्मजात होने के अलावा चोट, संक्रमण या अन्य स्थितियां- जो कि टेस्टोस्टेरोन उत्पादन को प्रभावित करती हैं, के कारण भी उत्पन्न हो सकती है।
क्लाइनफेल्टर सिंड्रोम (Klinefelter’s Syndrome) – यह एक आनुवांशिक स्थिति है जो अंडकोष को सामान्य रूप से विकसित होने से रोकती है। इस स्थिति में पुरुष एक अतिरिक्त X गुणसूत्र के साथ पैदा होता है। क्लाइनफेल्टर सिंड्रोम, टेस्टोस्टेरोन के कम उत्पादन का कारण बनती है।